Tre gjyqtarë të gjykatës kuhtetuese, konkretisht  Marsida Xhaferllari, Sonila Bejtja, Ilir Toska kanë qenë të mendimit se Gjykata duhej ta kishte deklaruar Protokollin për Migracionin të papajtueshëm me Kushtetutën dhe të ndalonte ratifikimin e tij nga Kuvendi.

Sipas marrëveshjes të dyja zonat, me sipërfaqe, gjithsej, 77700 m2 – njëra zonë ndodhet në portin e Shëngjinit, ndërsa zona e dytë në Gjadër, Lezhë – u jepen në përdorim pa kundërshpërblim autoriteteve italiane për 5 vjet (neni 3), me mundësinë e përtëritjes me heshtje edhe për 5 vjet të tjera.

Po kështu pala shqiptare i jep të drejtën e palës italiane për të ndërtuar dhe menaxhuar strukturat e nevojshme në këto zona në përputhje me legjislacionin italian, pa pasur nevojë për leje ndërtimi ose formalitete të tjera të ngjashme të kërkuara nga legjislacioni shqiptar. Shpenzimet e bëra nga pala italiane për ndërtimin e strukturave përjashtohen nga taksat dhe detyrimet doganore.

Gjithashtu vëren dhe kufizim të veprimit të legjislacionit shqiptar dhe të juridiksionit të autoriteteve shqiptare në dy zonat ku do të zbatohet Protokolli për Migracionin, çka sjell kufizim të garancive kushtetuese dhe ndërkombëtare të të drejtave të refugjatëve në territorin shqiptar.

1 – Qeveria shqiptare i ka kaluar qeverisë italiane të drejtën e përdorimit të dy zonave territoriale, brenda të cilave autoritetet italiane autorizohen të ushtrojnë pushtet publik për çështjet që lidhen me migrantët, duke kufizuar/ndaluar njëkohësisht juridiksionin e autoriteteve shqiptare në këtë pjesë të territorit të vendit. Në vlerësimin tone, Protokolli për Migracionin është marrëveshje ndërkombëtare që ka të bëjë me territorin

2- Kufizimi i veprimit të legjislacionit shqiptar dhe i juridiksionit të autoriteteve shqiptare në dy zonat ku do të zbatohet Protokolli për Migracionin, sjell kufizim të garancive kushtetuese dhe ndërkombëtare të të drejtave të refugjatëve në territorin shqiptar.  Për rrjedhojë, në ndryshim nga shumica, vlerësojmë se Protokolli për Migracionin është marrëveshje ndërkombëtare që ka të bëjë edhe me të drejtat dhe liritë themelore të njeriut.

3- Në kushtet kur Protokolli për Migracionin ka natyrë politike, vlerësojnë se plotfuqia e lëshuar nga Ministria për Punët e Jashtme pas autorizimit të dhënë nga Kryeministri nuk është në përputhje me Kushtetutën, pasi në rastin konkret, autorizimi duhej të ishte dhënë nga Presidenti.

4- Traktati i Miqësisë nuk mund të shërbejë si bazë në drejtim të plotfuqive për negocimin dhe nënshkrimin e Protokollit për Migracionin, ndaj ai nuk mund të përdoret si argument i mjaftueshëm për kushtetutshmërinë e tij. Ai akt nuk ka parashikuar dhe nuk mund të parashikonte që pas 30 vjetësh flukset migratore të paligjshme nga vendet e treta të menaxhoheshin bazuar në atë traktat.

5- Zhvillimet e fundit migratore që po ndodhin në kufijtë e jashtëm të Evropës dëshmojnë se çështja e migrantëve ka marrë përmasa jetike, e cila u ka vendosur të gjitha shteteve barrën dhe presionin dhe ka shtuar vetëdijen e tyre për të gjetur forma dhe mjete për të përballuar vështirësitë. Çmojmë se në rastin konkret duhej gjetur balanca e duhur dhe mekanizmat më efikase për mbrojtjen e përshtatshme të tyre.

Ndërkohë gjyqtarja Elsa Toska ka pasur tjeter mendim ku argumenton se autorizimi për dhënien e plotfuqisë për negocimin dhe nënshkrimin e tij do të duhej të ishte lëshuar nga Presidenti i Republikës.